В 1993 г. была создана кафедра «Клинические дисциплины» в состав, которой входила наша кафедра. В 1996 г. была создана кафедра «Хирургические болезни», а в2000г. в результате деления этой кафедры приказом ректора ОшГУ (пр. №126/1 от 26.06.2000) была создана кафедра «Хирургические болезни» №1, а в 2007 году кафедра переименована на кафедру «Общая хирургия». С 1993 по 2007 годы кафедру возглавлял один из основателей медицинского факультета ОшГУ, главный хирург Ошской области (1985 – 2022 гг) к.м.н., доцент Анаркулов Сайдулла Файзуллаевич. С 2007 года по 2014 год кафедру возглавлял д.м.н., профессор Райымбеков Оторбай Райымбекович (тема докторской диссертации: “Оптимизация хирургического лечения сочетанных заболеваний аноректальной области”, 2016 год.). С апреля 2014 года по август 2024 года кафедру возглавлял д.м.н., профессор Муратов Абдижалил Абдыразакович (тема докторской диссертации: “Научные основы индустриализации диагностического процесса, индивидуализации лечебной тактики и социализации хирургической практики”, 2009 год.). С сентябрья 2024 года кафедру возглавляет Анаркулов Талантбек Нематович