Список учебных заведений (зарубежных и отечественных), сотрудничающих с медицинским факультетом ОшГУ:
1.Университет Сиваса Джумхуриета (Турция);
2.Маргбурский университет им.Филиппа (Германия)
3.Петрозаводский государственный университет (Россия);
4.Андижанский государственный медицинский институт (Узбекистан);
5.Ташкентский государственный стоматологический институт (Узбекистан);
6.Бухарский государственный медицинский институт им.Абу Али ибн Сино (Узбекистан);
7.Алтайский государственный медицинский университет (Россия);
8.Сумский государственный университет (Украина);
9.Открытый медицинский институт ( Open Medical Institute) Австрия
10.Евразийский международный медицинский университет (Бишкек)
11.Медицинский университет Семей (Казахстан)
12.Казахский национальный медицинский университет имени С.Д.Асфендиярова (г.Алматы)
13.Таджикский государственный медицинский университет имени Абу али ибн Сино (Республики Таджикистан)
14.«Медицинский Университет Караганды» (Республика Казахстан, г. Караганда)
15.Западно-Казахстанский медицинский университет имени Марата Оспанова (Казахстан)
16.Азиатский медицинский институт имени Тентишева Саткынбая(Кыргызская Республика, г. Кант)
17.Университет Кадиса (Испания)
18.Миссурийский университет (США)
19.Чувашский государственный университет (Чувашская Респ., Россия);
20. Марийский государственный университет (Россия);
21.Приволжский исследовательский медицинский университет (Россия);
22. Казанский Федеральный Университет (Россия);
23.Уральский государственный медицинский университет (Россия);
24.Воронежский государственный медицинский университет (г. Воронеж, Россия)
25.Национальный университет Узбекистана имени Мирзо Улугбека. 
26. Санкт-Петербургский государственный мед.университет им. И.П.Павлова
27.Международный медицинский университет
28.Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М.Сеченова
29.Приволжский исследовательский медицинский университет Лечебно дело
30.Республиканский научно-практический центр онкологии и радиологии им. Н.Н. Александрова
31.Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечников
32.Ташкенский фармац. институт.
33.Ташкентская медицинская академия
34.Ташкентский педиатрический мед. институт.
35.Ташкентский стоматологический мед. институт.
36.Новгородский государственный университет имени Ярослава Мудрого