В 1993 году была создана кафедра «Клинические дисциплины» в состав, которой входила наша кафедра. В 1996-году была создана кафедра «Хирургические болезни», а в 2000-году в результате деления этой кафедры приказом ректора ОшГУ (пр. №126/1 от 26.06.2000) была создана кафедра «Хирургические болезни» №2, а в 2007 году кафедра переименована на кафедру «Хирургические болезни». С момента образования кафедры точнее с 1998 по 2008 гг. заведовал кафедру д.м.н., профессор Белеков Жанек Омошевич. Белеков Жанек Омошевич с 1998 по 2008 гг. в Ошской межобластной объединенной клинической больнице работая заведующей отделением хирургии №1, оказал огромное влияние в процветании медицинского факультета, в том числе и на кафедру. Приказом ректора ОшГУ (приказ №561/2 от 8.10.2008 г.) с 2008 по 2009 года кафедру возглавлял кандидат медицинских наук, доцент Осумбеков Байышбек Зияйдинович. С 2009 по 2011 года заведовал кафедру кандидат медицинских наук, доцент Байгазаков Асылбек Топчубаевич.
С 2011 года кафедрой заведует к.м.н., доцент Абдиев Азамат Шакирович. На кафедре преподаются 3 предмета: госпитальная хирургия, хирургические болезни реаниматология и интенсивная терапия. Кафедра хирургические болезни является кафедрой с высоким научным потенциалом. На кафедре профессорско-преподавательский состав составляет 14 сотрудников. Из 14 сотрудников профессорско-преподавательского состава:
Профессор – 1, доктор наук 2, доцентов – 6, кандидаты наук – 6, старшие преподаватели – 2, преподаватели – 6.
Качественный показатель остепененности профессорско- преподавательского состава кафедры составляет 50%.Преподаватели кафедры Ураимов К.А., Нуржан уулу У в стадии завершения своих кандидатских диссертаций.
Преподаватели совместно выпустили 4 учебно-методических пособий и учебно-методические разработки, 189 научные статьи, 5 рационализаторские предложения и 1 патент.
На кафедре имеется научные кружки, которые студенты под руководством преподавателей активно участвуют и выступают с докладами на научных конференциях молодых ученных и студентов. За лучшие доклады занимают призовые места и получают дипломы.